Microbiote ou microbiome ?

Inconnu du grand public il y a encore dix ans, le terme « microbiome » est apparu dans les médias de masse au cours de la dernière décennie. Aujourd’hui, il est dans toutes les bouches; de la pharmacie à la librairie, en passant par le rayon alimentation de votre supermarché. Que signifie-t-il exactement? Microbiome et microbiote sont-ils synonymes?

Pas vraiment !

Le microbiote est l’ensemble des organismes microbiens d’une communauté, généralement utilisé en référence à un hôte animal. Il se rapporte à la taxonomie (nom)
des micro-organismes présents. Le microbiote digestif est le plus courant.

Le microbiome est l’ensemble des micro-organismes et leurs gènes vivant dans un environnement particulier. Il se rapporte aux bactéries (éléments primaires) et à leurs gènes (éléments secondaires). Le microbiome contient le microbiote, son « domaine d’activité » mais aussi les conditions environnementales du milieu (Berg, et al., 2020).

Pour finir, la métagénomique est la science associée aux études modernes sur le microbiote. Il s’agit de l’étude des génomes combinés d’une communauté de micro-organismes, le métagénome. Contrairement aux études microbiennes traditionnelles reposant sur la culture microbienne, la métagénomique implique des techniques de séquençage à haut débit et des outils de bio-informatique. Elle permet une meilleure description de la diversité taxonomique microbienne et des fonctions biologiques potentielles assurées par l’ensemble de la communauté.